Microbiome cutané acnéique et implications thérapeutiques : une nouvelle ère s’ouvre…

Formé de bactéries, virus, champignons et parasites (acariens), le microbiote cutané (MC) représente l’ensemble des micro-organismes en permanente interaction avec la peau. Le MC bactérien adulte se compose de phyla : Actinobacteria, Proteobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes. Les genres prédominants identifiés sont : Corynebacterium, Staphylococcus et Cutibacterium. Le follicule pileux constitue un environnement lipidique, microanaérobique favorable adapté à la croissance de Cutibacterium acnes (CA) – anciennement nommé Propionibacterium acnes(1). Le séquençage long-read (pleine longueur V1-V9) de l’ARN16s du CA a permis la mise en évidence de six phylotypes et de 10 ribotypes dans le cadre du phylotypes le plus acnéigène, le phylotype IA1. Dans le cadre du phylotype IA1, les ribotypes 4 (RT4) et RT5 sont les plus pathogènes. Dans le phylotype II CA, le ribotype RT6 est commensal « non acnéique »(2). La bactérie S. epidermidis inhibe la prolifération du C. acnes(3). Un autre facteur impliqué dans le microbiome de la peau acnéique est le stress : la bactérie CA a une protéine réceptrice aux catécholamines adrénaline et noradrénaline qui augmentent et stimulent la virulence des CA RT4 et RT5 sur la lipogenèse dans les sébocytes(4), le biofilm sécrété par les bactéries étant une forme de défense et de résistance aux médicaments. Dans la physiopathologie de l’acné, à part les facteurs liés à une prédisposition génétique à l’hyperséborrhée, à une sensibilité plus importante des récepteurs aux androgènes et/ou à la substance P, l’influence des facteurs de l’exposome, l’activation de l’immunité innée joue un rôle important : inflammasome, l’interleukine 1 (IL-1), la caspase, les Toll-like Recepteurs (TLR2, TLR4)(5). La voie de l’activation du profile Th17 avec sécrétion d’IL-17 A/F a été étudiée(6). Les modifications du microbiome concernent avant tout la perte de la diversité des phylotypes du CA, avec la prédominance des ribotypes RT4 et RT5 qui sont plus bio-filmogènes et plus adhérents. La formation du microbiofilm est un facteur de virulence qui confère aux bactéries comme CA RT4 et RT5 une antibiorésistance augmentée, associée à une sécrétion d’exo-enzymes et une survie prolongée de ces ribotypes de CA. Le MC acnéique peut être analysé par la technique métagénomique taxonomique de séquençage de l’ADN ribosomal (ADNr) 16S des bactéries du microbiote, ce qui permet de déterminer le microbiome cutané spécifique et d’évaluer ainsi la spécificité et l’efficacité des différents topiques ciblant le microbiome afin d’améliorer les lésions inflammatoires et/ou rétentionnelles. L’analyse de l’abondance relative des différents ribotypes de C. acnes (pro-inflammatoires ou saprophytes) des laboratoires de recherche en microbiologie permet le séquençage « pleine longueur V1-V9 » (long-read) de l’ADNr des bactéries. Le prélèvement cutané se réalise sur peau lésionnelle et nonlésionnelle, les écouvillons sont adressés (sur glace à 4 °C, en moins de 48 heures) au labo d’analyse métagénomique. L’extraction de l’ADN pour l’analyse quantitative qPCR spécifique du Cutibacterium acnes et d’autres souches bactériennes (figure 1) est suivi par la préparation des « librairies » pour l’amplification 16S pleine longueur et le choix d’analyser les librairies ciblées par la technique du séquençage « pleine-longueur ». Ce séquençage permet l’identification des différents ribotypes de C. acnes. Figure 1. L’analyse métagénomique du microbiome de la peau acnéique : chaque souche (phylum) est représentée par une couleur. La couleur en orange montre l’abondance relative dominante des bactéries Cutibacterum (d’après les résultats des laboratoires GenoScreen et Uriage).   Dans les formes d’acné inflammatoire les ribotypes de C. acnes RT4 et RT5 ont une abondance relative plus importante comparé à la composition des ribotypes de C. acnes de la peau des individus non acnéiques(2).   Implications thérapeutiques   À part les traitements « conventionnels » de l’acné, et notamment dans le contexte de résistances de plus en plus fréquentes aux antibiotiques, de nouvelles cibles thérapeutiques sont en cours d’investigation, en partant des données sur le MC des patients acnéiques : – thérapies ciblant le microbiome : bactériophages (Pahexavirus), anti C. acnes IA18, prébiotiques(9), postbiotiques(10), probiotiques (application topique de bactéries saprophytes)(11,12) ; – thérapies ciblant C. acnes : vaccination (anti-CAMPs)(13), inhibiteurs du biofilm du C. acnes RT4/RT5(14) ; – modulateurs de l’immunité innée et indirectement le microbiome de la peau acnéique : modulateurs du Toll-like Recepteur-2(5), stimulateur du peptide antimicrobien human betadefensin-2 (hBD2)5.   L’analyse métagénomique du microbiome de la peau acnéique montre une variété importante de Cutibacterium acnes, avec la prédominance des ribotypes RT4 et RT5 qui sont pro-inflammatoires par la production d’un biofilm qui les protège et leur confère une résistance particulière aux traitements. Les nouvelles thérapies ciblant directement ou indirectement le microbiome acnéique via les récepteurs de l’immunité innée et la stimulation des peptides antimicrobiens constitue une approche en développement de la prise en charge de l’acné dans le contexte des fréquentes résistances aux traitements antiacnéiques conventionnels.